Bom dia,
Por vezes não existe uma fronteira clara ente uma actividade industrial e comercial. Pode depender da situação em concreto.
Por exemplo, conheço um estabelecimento comercial de bebidas (café) que compram lotes a granel e têm uma secção onde procedem ao embalamento e posterior venda a retalho.
Eventualmente esta poderá ser uma situação que se aplique ao seu caso... mas nada como questionar directamente o órgão licenciador, que, em princípio, será em qualquer das situações a câmara municipal.
Cumps,
Figueiredo