Boa tarde,
Em primeiro lugar devemos diferenciar a actividade de comércio de alimentos para animais da venda dos animais de companhia em si. Embora ambas sejam licenciadas pela câmara municipal e possam ser desenvolvidas no mesmo estabelecimento, são duas actividades distintas.
O licenciamento da loja de "Rações e Acessório para animais" é da responsabilidade da câmara municipal. CAE 52488 - "Estabelecimentos de comércio a retalho de alimentos para animais de estimação" (consulte a Portaria nº 791/2007). Por analogia e para perceber como se desenrola o processo veja este link sobre o licenciamento comercial
http://www.portaldolicenciamento.com/licenciamento/licenciamento-comercial.htmlSe pretender, nesse estabelecimento, um serviço de banhos e tosquias para animais, julgo que não haverá legislação específica, devendo respeitar uma separação funcional e cumprir o conjunto de normas que salvaguardem a segurança do trabalhador, o bem-estar animal e a salubridade do estabelecimento (por exemplo, um ralo de escoamento sifonado, o revestimento do chão e das paredes por material impermeável, recipiente para colocar os resíduos, etc.)
Em relação à pet-shop, é um outro tipo de estabelecimento embora o licenciamento seja idêntico ao exemplo anterior: CAE 52488 - "Estabelecimentos de comércio a retalho de animais de estimação".
Em relação à venda de animais, aplica-se também o Decreto-Lei nº 315/2003, de 17 de Dezembro, onde consta um conjunto de requisitos de bem-estar animal (condições ambientais, dimensões de alojamento, etc...).