Boa tarde,
Na minha opinião, sim.
Esta questão fundiária e divisão artificial (comércio/serviços) acaba por ser pouco relevante nos dias que correm, uma vez que as iniciativas legislativas têm vindo a procurar simplificar os procedimentos de abertura das actividades económicas.
O importante é o facto do regular funcionamento da actividade não causar impacto em termos urbanísticos (ex: ruído, insalubridade, risco de incêndio, etc...).
A título de exemplo, não vejo porque se haverá de andar a pedir alteração ao uso pelo facto de ser um centro de formação (serviços) ou uma sapataria (comércio) ou uma clínica, etc...
Boa sorte com o projecto.